承认问题的解决，使袁世凯政府总算得到了列强的正式认可，但这并不意味着袁世凯可以在对外关系方面松口气，他仍然面临着诸多亟待解决的外交问题，其中俄国和英国分别对外蒙和西藏提出的权益要求，使中国再次面临分疆裂土的严重局面。
位于中国北方的蒙古一直为不断向东扩张的俄国所觊觎。由于历史的原因，有清时期，蒙古已经分为外蒙和内蒙两部分。清政府在外蒙的统治地位，因种种原因而在不断削弱中，外蒙上层王公、贵族、喇嘛阶层的离心倾向日渐发展。俄国则通过一系列不平等条约，获得了在外蒙的各种特权，开始向外蒙全面渗透。1907年的俄日两国第一次密约，将外蒙划为俄国的势力范围，此后俄国对外蒙的扩张更为急速。通过笼络、收买等方法，俄国在外蒙的上层王公、贵族、喇嘛阶层中扶植了亲俄集团。辛亥革命爆发后，俄国认为侵吞外蒙的时机已至，随即策动外蒙亲俄集团首领于1911年11月30日宣布“独立”，将驻外蒙的清军和清政府官员驱逐出境。12月16日，外蒙成立所谓“大蒙古国”，尊库伦活佛哲布尊丹巴为“皇帝”，以“共戴”为年号，由车林齐密特任“总理”。
外蒙“独立”完全是在俄国的扶植和支持下发生的。1912年1月，俄国外交部发表声明，公然无视中国对外蒙的主权，要求中国不在外蒙设立行政机构及不驻兵。对于外蒙局势，袁世凯当政后的政策可谓和战两难，由于国内舆论的强烈反应及维持统治的需要，他不能听任外蒙“独立”，但因为外蒙问题的复杂国际背景，加以迫切需要得到列强的承认，以及外蒙地处偏远之地，自身实力不济，袁世凯一时又不能采取强硬立场。袁世凯曾经准备通过与外蒙当政者直接谈判以解决外蒙问题，他两次致电库伦活佛哲布尊丹巴，表示“但使竭诚相待，无不可以商榷，何必劳人干涉，致失主权”。但是，外蒙“独立”运动的领导者已经形成为亲俄既得利益集团，他们自恃有俄国作后台，并不理睬袁世凯的谈判建议。袁世凯又曾准备出兵外蒙，但俄国立即威胁说，如中国进兵外蒙，俄当干涉。俄国的强硬态度迫使袁世凯只能一面令外交部声明中国对于蒙、藏等地拥有完全主权，外人不得干预；一面被迫转而寻求同俄国交涉解决外蒙问题之道。而这也是俄国自外蒙“独立”以来一直的要求，因为外蒙毕竟是中国领土，其独立如无中国承认，则无法理依据，俄国的目的就是以俄中交涉，逼迫中国承认外蒙独立的现实。