陈锦和福建提督杨名高、右路总兵马得功扎营于同安城外，在马进宝直抵漳州城下时以为已经解围，高兴了一阵子，不久就发现中了郑成功“粮尽自降”的计谋[44]，王、马二部被围在漳州城内，自己手上的兵力又不足以进战解围。陈锦除了向朝廷告急，请派援兵外，弄得一筹莫展。他担心清廷所遣援兵到达之前，漳州可能失守，而漳州一旦失守，郑军乘胜进攻闽浙各地，自己将无力招架。由于心中烦闷，陈锦经常暴躁如雷，对身边服侍人员稍不如意便发怒打骂。他的家奴李进忠、李忠、卢丕昌、陈恩等怀恨在心，暗中商议把陈锦杀了，带上总督印信逃往郑成功处献功，求个一官半职。七月初七日晚上，由李忠下手把陈锦刺杀于同安灌口帐篷中，慌乱当中除李进忠逃至郑军请赏外，李忠等人都被擒获[45]。清廷得报漳州形势危急，总督又遇刺身亡，决定派固山额真金砺为平南将军统兵火速入闽。
这年八月，漳州被围已达半年，城中粮食极为紧缺，守军挨家挨户搜括民间粮食，一碗稀粥索价白银四两，接着完全断粜。居民以老鼠、麻雀、树根、树叶、水萍、纸张和皮革等物为食，饿死者不计其数，最后是“城中人自相食，百姓十死其八，兵马尽皆枵腹”[46]。福建巡按王应元后来在题本中说：