乾隆年间两次用兵西北，彻底平定了准噶尔蒙古达瓦齐和阿睦尔撒纳割据势力，这是康熙、雍正两朝对准噶尔蒙古分裂势力斗争的继续。平准之后，清政府又粉碎了回部大小和卓的叛乱，完全统一了新疆。为了确保国家的统一，清政府在天山南北地区，筑城驻兵，设官建置，实行军府制，设伊犁将军镇守。清政府统一新疆和设立伊犁将军，对巩固国家统一、反对分裂势力具有重要意义。
其次是加强对边疆少数民族地区的治理，增强凝聚力。为此，清政府采取了相应的措施。
一是提高了理藩院的地位。理藩院原名蒙古衙门，清政权在关外时就已设立。清朝入关后，理藩院成为清政府管理蒙古、新疆、西藏等地少数民族事务的机构。为了更好地发挥理藩院的作用，顺治年间，理藩院官员改称尚书、侍郎、郎中、员外郎，理藩院作为独立的中央政府机构，列于工部之后。乾隆年间，理藩院司属机构由原来的四司增加到六司，体制更加完备。此外，乾隆年间金奔巴瓶掣签制度的实行，使理藩院管理藏传佛教事务的内容更为丰富，职权又有所扩大。
二是实行因俗而治。清政府以理藩院管理边疆地区少数民族事务的同时，还根据少数民族的不同情况，“修其教不易其俗，齐其政不易其宜”[1]，即所谓因俗而治，也就是根据不同少数民族的情况，采取不同的治理办法。具体说，清政府以盟旗制度管理蒙古族，以伯克制度管理维吾尔族，以政教合一制度管理藏族，以土司制度管理西南少数民族。在法律上，在蒙古族地区实行蒙古律，在维吾尔族地区实行回律，在青海藏族地区实行番律。因俗而治政策的实行，有利于清政府对边疆地区的治理。