但是，目前在我国高等教育研究机构建设和研究工作的开展中，也存在一些突出的问题，主要是：一些教育行政部门和高校的领导对高等教育研究在教育决策、管理和改革发展中的重要作用还缺乏正确认识，不太注重运用高等教育的理论和研究成果指导实践，对高教研究工作重视不够、投入不足；有些学校的高等教育研究机构任务不明确，致使研究人员未能发挥其应有的作用；一些高等教育研究机构研究条件比较差，研究人员的职称、待遇等问题长期得不到妥善解决，影响了高等教育研究机构作用的发挥，甚至造成人才流失；高等教育研究机构之间缺乏交流、合作，有些研究课题存在低水平重复、与实际脱离等问题。这些问题的存在，不利于高等教育研究机构的发展和作用的发挥，亟待改变。
为了使高等教育研究机构更好地发挥在高等教育改革和发展中应有的作用，各级教育行政部门和各高等学校要进一步提高对高等教育研究重要作用的认识，切实加强高等教育研究机构建设。
一、充分重视高等教育研究机构在高等教育改革和发展中的作用。高等教育研究机构是在教育行政部门和高等学校领导下的教育科学研究单位，担负着从事高等教育改革和发展的理论和实践问题的研究，为教育行政部门和高等学校提供决策咨询服务，推动干部和教师开展群众性高等教育科学研究等任务。其中，水平较高、力量较强的高等教育研究机构，还担负着培养高等教育研究和管理的专门人才，建设和发展高等教育学学科的任务。高等教育研究机构具有研究高等教育和高校自身的特殊性，与一般科研机构有所不同。