自担任副总统，冯国璋就轻易不离开南京，所以他任职后初次抵京，已经是1917年，“府院之争”和对德绝交案闹得最为沸沸扬扬的时候。段祺瑞当权之后，对继任的大总统黎元洪颐指气使，总统府与国务院之间日渐交恶，最终造成了“府院之争”。而“府院之争”的导火索就是对德绝交案，时值第一次世界大战爆发，日本、美国拉拢段祺瑞加入协约国，而黎元洪则认为应当加入同盟国。其实冯国璋最早也是反对对德宣战的，不只是冯国璋，当时大多数人都反对，因为“德国陆军天下无敌”的思想在中国早已根深蒂固，中国早期的军事教育几乎都是照搬德国。
冯国璋会由反对变为赞成，据说是因为时任国务院秘书长的张国淦。在府院就对德绝交案吵得天翻地覆之时，张国淦即致电冯国璋，向其详陈对德绝交的有利之处。其实对德绝交，对中国最为有利的就是借款。中国当时最大的债主就是六国银行团，也就是英国、法国、美国、日本、俄国和德国，第一次世界大战爆发之后，美国便排斥德国和俄国，组成了四国银行团。一旦对德绝交，则与德国的大笔借款可以一笔勾销，同时得到银行团中实力强大的英国、法国、美国和日本的支持。而且，纵然德国陆军天下无敌，但“一拳难敌四手”，加之当时美国参战的可能性大增，对德绝交其实是大大有利于中国的。