段祺瑞以名利劝动李长泰和冯玉祥，又对曹锟许以副总统之位，就获得了讨逆军所需的武器和人员。加上段祺瑞素来与日本交好，日本方面派出青木中将帮助段祺瑞策划军事，借给军费100万元，同时力促其他国家公使同意在讨逆时期中国军队有行军及运输的自由。段祺瑞随后又在交通银行预筹军饷200万，7月2日晚9时，段祺瑞偕同梁启超等人抵达天津以南的马厂，3日上午，第八师司令部举行讨逆军军事会议，公举段祺瑞为讨逆军总司令，誓师讨逆。段祺瑞委派段芝贵为西路讨逆军总司令，以梁启超、汤化龙、徐树铮、李长泰为讨逆军总部参赞，靳云鹏为总参议。
4日，段祺瑞以讨逆军总司令名义向张勋发出通电，其中写道：“为国家计，自必矢有死无贰之诚，为清室计，当久明爱人以德之义……”同日发出由梁启超执笔的“讨逆檄文”，写道：“六师之众，佥然同声，誓与共和并命，不共逆贼戴天……”除了这篇檄文，梁启超也和自己的老师康有为站在了对立面，此后他以自己的名义发表反对复辟的电文，称“此次首造逆谋之人，非贪黩无厌之武夫，即大言不惭之书生”。6日，冯国璋通电履行副总统职责，并且通电反对复辟，此后又和段祺瑞联名发电。此时早已逃到上海的外交总长伍廷芳也通电各埠使领，声明自己携带着外交部印信，北京伪外交部文电均无效。