李渊脸上忽然浮起了慈和之色，他轻轻地推开李世民，用袖口揩去脸上之泪，说道：“二郎，十指连心，他们也是我的儿郎，我心伤其亡亦为性情之中。萧郎说得对，他们心怀歹意，完全是咎由自取，我不怪你，起来吧。”
陈叔达拱手奏道：“陛下，如今京师震动，则安定其乱为第一要务。建成已亡，应早立太子，以平复眼前之乱。”
李渊点头道：“不错，陈卿所言极是。二郎，这太子之位本来就是你的，此次万万不能推辞了。士及，你过来，马上拟一道册书，立二郎世民为皇太子。”
次日，这道册书颁行天下。六月七日，李渊又复下诏，诏曰：“自今后军机兵仗仓粮，凡厥庶政，事无大小，悉委皇太子断决，然后闻奏。”如此，李世民彻底掌握了军国大权，此年，李世民年仅二十九岁。
李世民既然当了太子，自然要入东宫居住。六月四日那天随着薛万彻为首的东宫宿卫一哄而散，东宫就成为一座不设防的宫殿。侯君集带领一帮如狼似虎的手下，旋风般地杀入东宫，搜出李建成之子承道、承德、承训、承明、承义，将他们拉出宫门斩之。随后，他们又入了齐王府，找出李元吉之子承业、承鸾、承奖、承裕、承度，也是一刀斩之。侯君集又指挥众人将两府中人尽数赶出，将他们圈入大理寺狱中。独杨琚一人被侯君集带入天策府，原来李世民有交代，说杨琼独怜其妹，可将她交给杨琼看管。这样，东宫就为李世民空了出来，待李渊的册书一下，李世民即刻搬入了东宫。